بعد از اینکه مجلس رای به برکناری فرجی دانا از سمت وزارت علوم ایران داد، حسن روحانی رییس جمهور ایران در حکمی محمد علی نجفی را که پیش از این برای ریاست وزارت آموزش و پرورش از مجلس ایران رای اعتماد نیاورده بود، سرپرست وزارت علوم و فرجی دانا را به عنوان مشاور خود منصوب کرد.
تنها با گذشت زمان کوتاهی از برکناری فرجی دانا از وزارت علوم، حسن روحانی که هم اکنون در طی سفرهای استانی خود در اردبیل است، طی حکمی از زحمات فرجی دانا در دوره مسئولیتش قدردانی و محمد علی نجفی را به عنوان سرپرست این وزارتخانه معرفی کرد.
محمد علی نجفی پیش از این به عنوان گزینه دولت برای وزارت آموزش و پرورش معرفی شده بود که نتوانست از مجلس رای اعتماد بگیرد. مخالفان او همراهی اش با معترضان به نتیجه انتخابات ۸۸ را از دلایل اصلی عدم صلاحیت او برای تصدی وزارتخانه ای برشمردند که ۹ سال در راس آن بود.
نجفی در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ از مشاوران ارشد مهدی کروبی بود و به عنوان یکی از نمایندگان او در جلسه خصوصی با آیت آلله خامنه ای حضور داشت.
حسن روحانی بلافاصله پس از عدم رای اعتماد به نجفی، او را به معاونت خود و ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری منصوب کرد؛ انتصابی که با مخالفت بخشی از اصولگرایان همراه بود، اما وی مدتی بعد به دلیل بیماری استعفا داد.
همچنین روحانی در حکمی جداگانه رضا فرجی دانا را به عنوان «مشاور رییس جمهور در امور علمی و آموزشی» منصوب کرد تا به گفته وی، فرجی دانا همپنان در کنار دولت یازدهم فعالیت کند.
رضا فرجی دانا امروز (چهارشنبه ۲۹ مرداد) با استیضاح مجلس شورای اسلامی از وزارت علوم ایران کنار گذاشته شد. ۱۴۵ نماینده به استیضاح او رای دادند.
به نظر می رسد وزارت علوم یکی از چالش های اصلی برای دولت روحانی محسوب می شود، به طوری که مجلس ایران به اولین انتخاب روحانی برای ریاست این وزارتخانه رای اعتماد نداد.
پس از معرفی جعفر میلی منفرد به مجلس شورای اسلامی برای تصدی وزارت علوم و عدم کسب رای اعتماد، رییس جمهور ایران، جعفر توفیقی، وزیر سابق علوم در دوره دوم ریاست جمهوری خاتمی به سمت سرپرستی این وزارتخانه منصوب کرد. انتصاب توفیقی در این وزارتخانه، امیدواری زیادی در بین دانشگاهیان و دانشجویانی که در طول دوران ریاست جمهوری احمدی نژاد صدمه دیده بودند، ایجاد کرد.
توفیقی در دوران سرپرستی خود در وزارت علوم، اقدامات قابل توجهی در این وزارتخانه انجام داد. وی در نخستین اقدام خود در مقام سرپرست وزارت علوم شماری از استادان اخراجی را به کار بازگرداند و همچنین در این دوران دو ماهه، بسیاری از دانشجویان ستاره دار که از تحصیل باز مانده بودند به دانشگاه ها بازگشتند.
اصطلاح دانشجوی ستاره دار در سال ۱۳۸۵خورشیدی و در دوره وزارت محمد مهدی زاهدی، وزیر علوم کابینه اول محمود احمدی نژاد، بیان شد. در تابستان همان سال، در کنار نام شماری از دانشجویان داوطلب کنکور کارشناسی ارشد، ستارههایی قرار گرفته بود که بعدها در مواردی به احضار و بازجویی یا حتی محرومیت این دانشجویان از تحصیل منجر شد.
همچنین توفیقی در دوران کوتاه سرپرستی خود، صدرالدین شریعتی را از ریاست دانشگاه علامه طباطبایی برکنار کرد. دوره هشت ساله ریاست شریعتی با اخراج یا بازنشسته کردن زودهنگام اساتید منتقد و امنیتی شدن فضای دانشگاه و تعطیل کردن برخی رشتههای تحصیلی همراه بود.