ایران اطلاع داشتن از ورود عاملان حملات به خاک خود قبل از به وقوع پیوستن حملات را تکذیب می کند.. اما آن را بعید نمی داند
برخی اسنادی که یک دادگاه آمریکایی در نیویورک با استناد به آن ها ایران را به علت ارتباط داشتن با حملات ۱۱ سبتامبر ۲۰۰۱ به مبلغ ۱۰٫۵ میلیارد دلار جریمه کرد، فاش می کند که «حزب الله» لبنان در ارائه کمک و راهنمایی به تعدادی از عاملان این حملات دست داشته است. مدارکی که قاضی جورج دانیلز در پرونده ای که در سال ۲۰۱۱ مطرح شده بود به آن ها استناد کرد نشان می دهد برخی از کسانی که حملات را انجام دادند در مدت کوتاهی پیش از حملات به ایران سفر کرده بودند اما گذرنامه های آن ها مهر عبور از خاک ایران را ندارد.
دانیلز، قاضی دادگاه با توجه به عدم اعتراض دولت ایران بر این پرونده حکم را غیابی صادر کرده بود. قاضی برای پرداخت غرامت به قربانیان حملات تروریستی، و شرکت های بیمه که در پی این حادثه خسارت های مالی دیدند، به ایران دستور پرداخت میلیاردها دلار داد، و تهران را مسؤل کمک به تروریست هایی دانست که هواپیماهای به کار رفته در حملات را ربودند.
از سوی دیگر، ایران به این حکم شدیداً اعتراض کرد. حسن جابری انصاری سخنگوی وزارت خارجه ایران روز گذشته در یک بیانیه مطبوعاتی گفت: «این حکم، جدیدترین تولیدات دستگاه قضایی آمریکا، در میدان مسابقه تبعیت کورکورانه از سناریوهای صهیونیستی ایران هراسی است». وی افزود: « این حکم آنقدر مضحک و بی معنا است که هم اصل عدالت را به سخره میگیرد و هم وجهه و اعتبار دستگاه قضایی آمریکا را بیش از پیش مخدوش میکند».
اما در حالی که منابع ایرانی دست داشتن کشور خود را در حملات تکذیب کردند، با این حال اذعان کردند که ممکن است تروریست ها در راه خود به اروپا، و به علت تفاهم میان آن ها و حکومت «طالبان» که در آن زمان قدرت را در کابل در اختیار داشت، از ترکیه به صورت قاچاق وارد ایران شده باشند. همین منابع افزودند که تهران از عبور «عرب های افغانی» از خاک خود اطلاع نداشت.