اگر چه بعد از گمانه زنی های بسیار در مورد انتخاب وزیر علوم ایران، رضا فرجی دانا توانست رای اعتماد مجلس را به دست آورد، اما به نظر می رسد، وزارت علوم همچنان چالشی برای دولت یازدهم ایران باقی مانده است و مجلس نتوانسته به وزیر علوم اعتماد کند.
به گزارش خبرگزاری مهر در روز چهارشنبه ۱۵ آبان، ۱۵۰ نفر از نمایندگان مجلس ایران در نامه ای خطاب به حسن روحانی رییس جمهور این کشور در خصوص برخی انتصابات فرجی دانا در وزارت علوم خواستار تجدید نظر وی در این انتصابات شدند.
در بخشی از این نامه آمده است: «جناب آقای روحانی قلبا و قویا علاقه مند به همکاری با دولت جنابعالی هستیم، مصرانه خواستاریم جناب آقای فرجی دانا را به تجدیدنظر در این انتصابات و برخی انتصابات سئوال برانگیز دیگر دلالت فرمایید.
ما نگران آنیم که چنین رفتارهایی فضای روشن و مثبت فعلی رابطه دولت و مجلس را تیره و تار سازد و موجب بروز واکنش هایی شود که نتیجه ای جز ایجاد مشکل برای دولت و اتلاف وقت و نیروی همگان در بر نخواهد داشت»
پیش از این نیز ۸۲ نماینده مجلس در تذکر کتبی به انتصاب های وزیر علوم اعتراض کرده بودند. برخی از رسانه های داخلی ایران نیز در گزارش های جداگانه احتمال استیضاح وزیر علوم را مطرح کرده اند. به نظر می رسد این اعتراض ها به دلیل لغو نکردن انتصاب هایی است که جعفر توفیقی در دوره کوتاه سرپرستی خود بر وزارت علوم انجام داده است.
پس از معرفی جعفر میلی منفرد به مجلس شورای اسلامی برای تصدی وزارت علوم و عدم کسب رای اعتماد، رییس جمهور ایران، جعفر توفیقی، وزیر سابق علوم در دوره دوم ریاست جمهوری خاتمی به سمت سرپرستی این وزارتخانه منصوب کرد. انتصاب توفیقی در این وزارتخانه، امیدواری زیادی در بین دانشگاهیان و دانشجویانی که در طول دوران ریاست جمهوری احمدی نژاد صدمه دیده بودند، ایجاد کرد.
توفیقی در دوران سرپرستی خود در وزارت علوم، اقدامات قابل توجهی در این وزارتخانه انجام داد. وی در نخستین اقدام خود در مقام سرپرست وزارت علوم شماری از استادان اخراجی را به کار بازگرداند و همچنین در این دوران دو ماهه، بسیاری از دانشجویان ستاره دار که از تحصیل باز مانده بودند به دانشگاه ها بازگشتند.
اصطلاح دانشجوی ستاره دار در سال ۱۳۸۵خورشیدی و در دوره وزارت محمد مهدی زاهدی، وزیر علوم کابینه اول محمود احمدی نژاد، بیان شد. در تابستان همان سال، در کنار نام شماری از دانشجویان داوطلب کنکور کارشناسی ارشد، ستاره‌هایی قرار گرفته بود که بعدها در مواردی به احضار و بازجویی یا حتی محرومیت این دانشجویان از تحصیل منجر شد.
محمد مهدی زاهدی وزیر علوم وقت ایران در زمستان همان سال اعلام کرد که «ستاره‌دار شدن برخی دانشجویان، ناشی از قانون و مقرراتی بوده که از زمان دولت محمد خاتمی وضع شده و هر سال اجرا می‌شده است.»
این ادعا از سوی فخرالدین دانش، معاون وزیر علوم دوره خاتمی و غلامرضا ظریفیان معاون دانشجویی وزیر علوم همین دوره، تکذیب شد.
همچنین توفیقی در دوران کوتاه سرپرستی خود، صدرالدین شریعتی را از ریاست دانشگاه علامه طباطبایی برکنار کرد. دوره هشت ساله ریاست شریعتی با اخراج یا بازنشسته کردن زودهنگام اساتید منتقد و امنیتی شدن فضای دانشگاه و تعطیل کردن برخی رشته‌های تحصیلی همراه بود.
